HKL-3000R代表一种在晶体学数据收集软件的新方法，它集成了数据收集、数据整理、相位测定和模型构建于一个套包中。这种方法大大加快了结构分析，最小化平均晶体数目、数据集数目的进程，和结构分析所需的时间。
HKL-3000R使用简单
HKL-3000R是一个单一用户界面，可以进行数据处理和结构分析。HKL-3000R固有的结构分析工序不间断地从一步传输到下一步。为防止通常与黑箱晶体相关的陷阱，结构分析软件提供策略停止点。此外，根据需要，软件内部数据库会与例如PDB和SwissProt的标准数据库进行通信。该软件具有广泛的文档，并且通过在PDB中引用的HKL大量寄存的X射线结构而众所周知。此外，HKL安装在许多同步辐射器中，研究人员可以研究一个同时用于实验室和同步辐射器的套件。该软件被蛋白质晶体学团体大量使用，使软件的微调使用简便并且满足结构生物学家的需要。
HKL-3000R数据收集、数据处理和结构分析
当该系统在半自动模式下运行时，提供研究人员检查定义衍射数据质量的最重要的参数，并给出洞察结构说明过程的特定步骤。大多情况下，使用该程序的默认设置可以获得一个大分子高度完整模型。此外，这种结构测定的半自动工序在实验的每一步都想研究人员提供反馈，最糟糕的情况会显示实验失败的原因，这是不可能发生在“强制”自动化中的。
原始图像数据整理和分析有相同演算法执行，使HKL-2000获得成功。对于已知的蛋白质序列的项目来说，该系统建议在每一步实验中优化输入的参数，并提供每个步骤复杂分析的结果。结果分析用于优化以后每个步骤输入的参数。研究人员能够调整数百的参数。此外，结果可以通过多种方式进行排序，一种方法可能与其它进行比较，可选择任意方法用于后续步骤。
HKL-3000R是最广泛用于蛋白者衍射数据的处理软件包
HKL-3000R的核心在于世界最强大的数据处理包HKL-2000。可以通过以对PDB的蛋白质结构提案统计为据。没有其它处理包、商业或公有领域，接近匹配HKL-2000关于PDB的引用。